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夏休みを過ごす千代子と遥のもとに現れたフィー。彼が自分の星・イド星を疑うタウから盗み出したデータはマジカロイドのカタログだった。 天～闇まですべての能力の開発目的や経緯を読んだ千代子たちはエレエス星への怒りをおぼえながらも、この内容を仲間たちにも共有しようとする。

一方、唯は以前の住処を離れ別の廃墟で暮らしていた。そこに現れた月菜を警戒するが、彼女は唯を恐れるでも非難するでもなく、側に居て寝食をともにするのだった。

翌日、東西二ヶ所に同時にバイオモンスターが現れる。

テロメアも参加し西側に現れた敵を撃退した一行。東側でも激しい戦いが繰り広げられていた。

唯と月菜が向かっていた東側の戦場には蜂型バイオモンスターの姿が。当初の目的通り、小型の蜂型を月菜が捕らえる作戦に出る。 また、「銃」の能力のマジカロイドとして、私立中の三年生・摂津玲奈が戦列に加わる。 彼女は過日、テロメアの説得を受け能力を得ていたのだった。

戦闘中に大型の蜂から放たれた三匹の小型蜂。月菜はそのうち二匹を捕獲するも、取り逃した一匹は行方をくらませてしまう。

戦闘を終え一部のメンバーが捜索をしている間、待機中のリリーたちのもとに捕らえ損ねた一匹が現れる。リリーの叫びもむなしく、疲労から眠っていた葉子が刺されてしまう。 タウが蜂型の毒を解析したことで判明したのは……マジカロイドとバイオモンスターに関わる信じられない事実だった。

被害が頻発する架橋町だが夏祭りは例年通り開催されることに。祐樹と二人で出かけたかった栞の意思とは裏腹に琥珀、真央、更には南中組や琴音まで加わった大所帯で祭りを回る。 南中・北中それぞれの威信をかけた（？）戦いを終えた時、バイオモンスターが襲来する。町の中心部に蜂型を侵入させずにせん滅することはできるのか。

テロメアと唯の共闘もあり、無事に町を守った栞たち。平和に開催される夏祭りの喧噪の中、伊万里の容体が急変する。 打ち上げ花火の下、伊万里を抱えて病院へ走る琴音は彼女を救うことが出来るのか。

伊万里の容体は悪く、マジカロイドになったためにレントゲン等の検査も不可能だった。 リリーの能力で治療ができる可能性はあるが、フィーによると臓器の精製は限りなく不可能に近い。また、リリー自身も能力の使用により心身ともに参ってしまっていた。
病院で伊万里が目を覚まし静養していたその頃、北中学校の周辺に敵が襲来。バイオモンスターの大群の前には、二人の自衛官の姿があった。

リリーと伊万里を欠いた戦力で辛くも敵を撃退し、町の中心部への被害を最小限に抑える。米子は父親の安否を確かめに、助かった一人の自衛官のもとへ向かう。 一方、想いを寄せる教諭・若宮が気がかりな真央は北中学校へ急ぐ。校庭で彼女らが目撃したのは無事な若宮の姿と、そして――。

千代子がタウに言った「一週間は待たない」の期限が迫った。タウは千代子に犯人の目星がある程度具体的になってきたことを伝える。技術的にはある程度つじつまが合うが、現時点で確証は得られない。 そして千代子は、この架橋町での戦いが終わった「後」のことをフィーとタウに頼むのだった。

一方、リリーは朔也の提案で短期間実家に帰ることにした。千代子たちが見送りにきた矢先、またも二ヶ所でバイオモンスターの出現が確認される。

多数の敵が現れた南側に仲間が多く集まった。バイオモンスターの巣もあり片付けるのに手間取っている間に、北側のリリーから通信が入る。「誰でもいいから助けて」と――。

八月一日。前日の戦いでの悲劇は自分が前に出たせいだという罪悪感が消えないリリーは、謝りに行く為に千代子のもとへ向かう。 朱莉たちも合流して日向家の前で見たのは、目を疑う光景だった――遥と同じ白髪の少女が、章二や林檎と話していたのだ。

リリーはタウにだけ通信を送り、伊万里の身体を治すにはどうすれば良いのかを聞き出す。 帰省と静養を取りやめ、償いのように、せめて伊万里の治療だけでもやり遂げるという決意をしたのだった。

伊万里の病院付近に現れたバイオモンスターの迎撃に向かったのはわずか十名程度の人数だった。 戦いを終え、リリーによる伊万里の治療が完遂されたとき残ったのは、救われたひとつの命と、新たな悲劇だった。

リリーの力で快復した伊万里。様子を見に来た朔也たちにもその元気さは伝わり、彼女はリリーにお礼として絵を送りたいと考える。 一方、千代子は自らを遥だと思い込んだまま日々を過ごしていたが、再びのバイオモンスター出現に際して、街中で光学迷彩を使わずに変身してしまう。

前回の戦いに参加しなかった葉子、玲奈、祐樹が戦線に復帰し戦闘に勝利するが、千代子は光学迷彩を使わないまま、街の破壊も厭わず戦闘をしてしまう。 朔也によって気絶させられ帰宅した千代子は、目を覚ますとためらいもなく変身姿をせつなに見せてしまうのだった。 テレビのニュースでは、白い髪の少女が化け物を倒す「ゴースト」の正体ではないかと報道されていた……。